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华体会app官网(中国)集团有限公司教师在蛋白质相互作用预测方面取得新进展(图)

来源:信息工程学院 发布日期:2023-02-22

  近期,华体会app官网(中国)集团有限公司信息工程学院李重教授(通讯作者)课题组,在生物信息领域国际重要期刊《Bioinformatics》(JCR一区期刊,IF:6.931)上,以华体会app官网(中国)集团有限公司为第一单位发表题为“AFTGAN: prediction of multi-type PPI based on attention free transformer and graph attention network”的最新研究成果。

  蛋白质相互作用(PPI)的研究对于生物医学发展至关重要,对PPI的深入理解可以为正常和疾病状态下的细胞生理学提供更多的见解,对基础科学和药物发现具有重大意义。然而,未知PPI预测仍然是一个挑战性的问题。为此,该课题组提出了一种新的神经网络模型AFTGAN,用于预测多种类型PPI。该方法在特征输入方面,除了氨基酸共现相似性和独热编码以外,还添加了含有大量蛋白质生物学信息的语言模型ESM-1b嵌入作为蛋白质序列特征。在网络框架部分,构建了一个基于Transformer编码器的集成网络,包含Attention Free Transformer (AFT) 模块和图注意力网络(GAT)。其中,AFT模块用于对重要蛋白质序列特征信息进行加权计算,而图注意力网络(GAT)主要用于提取蛋白质对的关系特征。在SHS27K和SHS148K数据集上的实验结果显示,AFTGAN优于其他使用随机、深度优先搜索(DFS)和广度优先搜索(BFS)划分的方法。测试集tSTRING数据集的实验结果表明,AFTGAN模型在预测未知PPI方面具有性能优势。

  论文链接:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/39/2/btad052/7000335